تكمن مشكلة البحث من خلال المفاضلة بين اي الطرق التي تعتبر اكثر فعالية في مكافحة نبات زهرة النيل ، وهذا يخضع الى معايير الجدوى الاقتصادية والفنية والتقنية والاحيائية وباقل تكلفة .  
وللنبات مضار عديدة تهدد صحة الانسان وممتلكاته ومصادره الطبيعية وانشطته المختلفة اما بطرق مباشرة او غيو مباشرة ، ويمكن تلخيص مضارها في النقاط الاتية :-
1-اعاقة حركة مياه الري والصرف في القنوات المائية والجداول الصغيرة وبخاصة الترع والتصريفات والعمل على زيادة الترسيب حيث تسبب توقف الجريان في بعض الحالات ويحول دون وصوله الى الذنائب.
2-اعاقة كل من عمليات الملاحة والانقاذ والاغاثة .
3-التاثير على المنشات المائية ومكائن الري وصيانة المشاريع الاروائية .