تواجه مصر العديد من التحديات التى تتعلق بمواردها المائية فهى تواجه مفوضات ضاربة حول مياه النيل  فيما يتعلق بقضية "سد النهضة "الاثيوبى وتأثير حصتها البالغة 55,5مليار متر مکعب سنويا , بالاضافة الى تزايد النمو السکاني , والتغيرات المناخية , وتلوث وتدهور نوعية المياه الامر الذى قد  يؤدى الى حدوث فجوة مائية في مصر تقدر بنحو 18 مليار متر مکعب في عام2050. ,  ومن هنا تأتى أهمية المياه الافتراضية کأحد الأدوات المستخدمة لمعالجة الأزمات الناتجة عن الفجوة المائية وتحقيق الأمن المائي ، حيث أن تجارة المياه الافتراضية تتيح للدول التي تعاني من ندرة المياه استيراد المنتجات کثيفة الاستخدم للمياه مما يضمن للدول شحيحة المياه المحافظة على مواردها المائية, کما إن معرفة کمية المياه الافتراضية المتضمنة في السلع والمنتجات تسمح بحساب نفقة الفرصة البديلة لاستعمال المياه وذلک لمقارنة العديد من خيارات إنتاج المحاصيل ، ولتقدير المنافع من عملية استيراد أو تصدير السلع و المنتجات وذلک لاستعمال المياه بأقصى کفاءة ممکنة. وأوضحت النتائج أن تجارة المياه الافتراضية أمر واقع في مصر, ولکن لم يتم أخذها في الاعتبار في سياسات تخطيط وإدارة الموارد المائية بعد,حيث يجب إدخال قيمة المياه الافتراضية للمنتجات ضمن حسابات التکاليف والعوائد الاقتصادية حال اتخاذ القرارات الاقتصادية المتعلقة بالسياسات الإنتاجية والتصديرية والاستيرادية , وضرورة توعية المزارعين بمدى ندرة إمدادات المياه بمصر وذلک لضمان أن يتم استخدام المياه بکفاءة في الإنتاج المحلي ، وتحفيز إنتاج المحاصيل ذات القيم العالية للتصدير ، والحد من المساحة المزروعة بالمحاصيل ذات الاستخدام الکثيف للمياه , کما من المهم خلق وعي بيئي لدى الأفراد للانتفاع بالمياه ، حيث إن معرفة المياه الافتراضية لمختلف السلع والخدمات يخلق وعيًا لدى الأفراد بالأثر البيئي لاستهلاکهم هذه السلع والخدمات.