فی ضوء سعی المؤسسات البحثية المصرية إلی دعم وتعزیز قدراتها التنافسیة فی ظل ماتواجهه من  تحدیات ومنافسات فإن السعى إلی تبنی وتطبیق نظم إدارة الجودة، بهدف التحسین الشامل والمستمر أصبح أمرا حتميا. وأوضحت النتائج أن تطبيق نظام إدارة الجودة  ISO9001:2015 فى مركز بحوث الصحراء كان له دور بارز فى تحسن الأداء البحثى، والإدارى، وتطوير المنظومة الطبية، وتطوير مركز التدريب، وتطوير أعمال لجنة الصحة والسلامة المهنية، منذ بداية التطبيق فى ديسمبر 2018 وحتى الأن مع حدوث تطور فى الأداء عاما تلو الأخر كما أن حصول مركز بحوث الصحراء على الإعتماد الدولى فى فبراير2020، وتجديد الإعتماد الدولى فبراير2021 أكسب المركز مكانة متميزة مقارنه بالمراكز الأخرى التى لم تحصل على الشهادة الدولية وأكد على تطبيق جميع اجراءات المركز طبقا لمعيار دولي وهو ما أنعكس على تصنيف مركز بحوث الصحراء فى المرتبة 41 داخل التصنيف العالمى SCIMAGO وهو تصنيف عالمى للمؤسسات البحثية بالشرق الأوسط وشمال إفريقيا. وحقق المركز وفورات مالية كبيرة من جراء تطبيق نظام إدارة الجودة كما أرتفعت الميزانية المخصصة له فى العام المالى2020/2021 عقب الحصول على شهادة الإعتماد الدولى  وهو ما انعكس على توسيع المركز لأنشطته البحثية الأخرى فأطلق عام2020/ 2021 مبادرة تمويل برامج شباب الباحثين حيث تم تمويل أكثر من 20 برنامج بحثى ، وتطوير البنية التحتية وتطوير ورفع كفاءة شبكة المعلومات الدولية لتغطى كافة ربوع المركز وتساعد فى مبادرة المركز نحو رقمنة جميع العمليات كما حقق المركز تحسن كبير فى الإهتمام بصحة وسلامة العاملين خاصة مع تفشى وباء كورونا COVID19 ، وإتخاذ كافة الإجراءات الإحترازية.