هدفت هذه الدراسة إلى استخدام مؤشرات التضاعف العشوائي المتعدد الأشکال لسلسة الدنا Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) Markers المعتمدة على تقانة تفاعل البلمرة المتسلسل PCR في تحليل التباين الوراثي بين خمس أصناف من القطن Gossypium hirsutum L.  المزروعة في العراق.عزل الDNA  من اوراق النباتات واستخدمت ثمان عشر من البوادئ في تفاعلات تقنية ال RAPD اربع منها لم تعطي أي نتيجة في حين اعطت الاربع عشر الباقية نتائج جيدة ، تم الکشف عن التباينات بين القطع المتضاعفة لکل صنف (أعدادها وأحجامها الجزيئية) بترحيل العينات على هلام الأکاروز. أظهرت نتائج تقنية ال  RAPDللأربعة عشر بادئ اختلافا واضحا في عدد حزم الDNA  المتضاعفة وتباينا واضحا في أوزانها الجزيئية إذ بلغ العدد الکلي للحزم (258)، کان عدد الحزم المتباينة (213) بينما کان عدد الحزم المتشابهة (45) حزمة. أعطى البادئ (OPN-07) أعلى عدد من الحزم (31 حزمة) بينما اعطى البادى (OPQ-17) اقل عدد من الحزم (10 حزمة). کما اختلفت کفاءة البادئات المستخدمة في کشف التباينات الوراثية بين الاصناف المدروسة فقد اعطى البادئ (OPA-11) أعلى کفاءة (13.17) في حين أعطى البادئ (OPQ-20) اقل کفاءة (2.71)، ومن جانب آخر أظهر البادئ (OPN-07) أعلى قوة تمييزية (14.55) في حين کانت أقل قوة تمييزية (3.75) للبادئ (OPQ-06). أعلى مسافة للبعد الوراثي (0.9677) بين الصنف نازلي 87 والصنف کوکر 310، في حين کانت أقل مسافة للبعد الوراثي (0.1002) بين الصنف أشور والصنف مرسومي 10. استطاعت تقنية ال  RAPD إيجاد حزم دنا فريدة مميزة قادرة على التمييز بين أصناف القطن المدروسة، أي أن هذه الحزم وجدت في صنف معين وغابت في الأصناف الأخرى ويمکن استخدامها کبصمة وراثية مميزة لحفظ حقوق مربي النبات. أظهرت هذه الدراسة کفاءة تقنية ال RAPD في التمييز بين أصناف القطن المدروسة وفي تحديد درجة القرب والبعد الوراثي بينها مما اسهم في کشف التنوع الوراثي بين بعض أصناف القطن المزروعة في العراق.