تشترك مصر وإندونيسيا في امتلاكهما تاريخ مشترك من النضال الطويل ضد المحتل الأجنبي، والنسبة لإندونيسيا فقد تعرضَّت في أوائل القرن التاسع عشر للاحتلال الهولندي وكافحت طويلًا لنيل استقلالها وسيادتها وساعدتها مصر عن طريق تهريب الأسلحة إليها أثناء نضالها حتى حصلت على استقلالها في 17 أغسطس 1945 ،و بدأت العلاقات بين الجانبين والتي اتّسمت بالاستقرار وتمركزت أغلب مواقفهما تجاه القضايا الدولية.
بمجيء نوفمبر 1946 اعترفت جميع الدول العربية المستقلة في ذلك الوقت بالجمهورية الإندونيسية حيث أصدر مجلس جامعة الدول العربية المنعقد بالقاهرة في نوفمبر 1946 قرارًا جماعيًا بالاعتراف، ، وكانت مصر أول المنفّذين حيث أعلنت رسميًا عن اقامتها للعلاقات الدبلوماسية مع إندونيسيا.
قدّم المبعوث المصري دعوة من الحكومة المصرية استقبال وفد إندونيسي رسمي بالقاهرة وبالفعل حضر الوفد واستُقبل بحفاوة شعبية ورسمية ، وفي يونيو 1947 تم توقيع معاهدة الصداقة والمودة بين مصر وإندونيسيا وهي أول معاهدة دولية في تاريخ إندونيسيا كدوله مستقلة.
وعقب قيام ثورة 23 يوليو بدأت مرحلة جديدة في العلاقات الثنائية بين البلدين، فأيّدت إندونيسيا قيام الثورة وبادرت بالاعتراف بنظام الحكم الجديد، وحدث تنسيق بين البلدين في السياسة الخارجية لا سيما موقفهما من الحرب الباردة وسياسة الأحلاف والتكتلات، وفي أبريل 1955 شارك الرئيس جمال عبدالناصر في مؤتمر باندونج في إندونيسيا .
ومن أجل ذلك ساندت إندونيسيا بشدة سيادة مصر سواء عند تأميم قناة السويس عام 1956 أو عند استرداد الأراضي التي احتلتها اسرائيل، كما ساند الشعب الإندونيسي مصر سواء الصحافة أو المنظمات والجمعيات والنقابات العمالية ،كما قام الشباب الإندونيسي بتكوين هيئة للدفاع عن مصر، كما أرسلت إندونيسيا لأول مرة كتيبتها المساعدة لحفظ السلام والمعروفة باسم كتيبة النسور