تناولت هذه الدراسة بالتحليل والشرح اتفاق التحكيم في المنازعات الجمركية وفقا لقانون التحكيم المصري رقم 27 لسنة 1994 وقانون الجمارك الجديد رقم 207 لسنة 2020 باعتبارهما سند اختصاص التحكيم في المنازعات الجمركية وكذلك القانون المقارن، ومن خلال هذا البحث يمكن القول أن اتفاق التحكيم هو ذلك الاتفاق الذي يبرمه الطرفان للجوء الى التحكيم بهدف تسوية المنازعات التي تنشأ بين مصلحة الجمارك والمتعاملين معها فيما يتعلق بنوع البضاعة أو منشأها أو قيمتها، وأكدنا من خلال البحث أنه يجب التوسع في المنازعات محل اتفاق التحكيم لما يوفره التحكيم من مزايا كثيرة لا تتوافر في قضاء الدولة.
ولاتفاق التحكيم طبيعة قانونية خاصة تميزه عن أي تصرف قانوني آخر فهو لا ينشأ في الواقع إلا بمناسبة وجود علاقة قانونية معينة وحيث أن هذا الاتفاق يعد عقدا من العقود الملزمة للطرفين، فلكي يكون صحيحاً لابد وأن تتوفر فيه شروط صحة العقد سواء شروطه الموضوعية من رضا ومحل سبب وأهلية بالإضافة الى الشرط الشكلي هو شرط الكتابة وبالإضافة أيضاً الى ذلك الشروط الخاصة باتفاق التحكيم الجمركي وهي موافقه وزير المالية أو من يفوضه في ذلك، وأن تكون البضاعة محل النزاع تحت رقابة الجمارك إلا في استثناءات محددة حددها القانون على سبيل الحصر، وكذلك أن يتم سداد نفقات التحكيم على سبيل الأمانة.