عندما تولى محمد على باشا حكم مصر عام 1805م، أصبحت العناية بالصحة العامة من أهم أولوياته لاسيما في بلد كثرت فيه الأمراض والأوبئة، حيث رأى أن هذه الأمراض الوبائية ستمثل عائقًا أمام أفكاره ومشروعاته لتحديث مصر، وأثار ذلك انتباهه إلى خطر ضياع الموارد البشرية، ففي عام 1812م وبناءً على اقتراح من طبيب الباشا الإيطالي غيطاني بك (Gaetani) قام محمد علي بتطبيق الحجر الصحي على السفن القادمة من إستانبول لظهور الطاعون بها، ومنذ ذلك التاريخ تم تطبيق الحجر الصحي في مصر.
وفي هذا الاطار أنشأت الإدارة المصرية محاجر صحية بالثغور المصرية لفحص جميع القادمين إلى البلاد من الخارج عن طريق البحرين المتوسط والأحمر للتأكد من سلامتهم لمنع تسرب الأمراض المعدية والأوبئة إلى البلاد، فأنشأت محاجر صحية في الإسكندرية، ورشيد، ودمياط، والبرلس، والسويس، والقصير، والطور، وعيون موسى... وغيرها من الثغور المصرية.
وتحاول هذه الورقة إلقاء الضوء على المحاجر الصحية في الثغور المصرية، وآليات وإجراءات الحجر الصحي البحري على السفن والبضائع في الثغور المصرية، ومدد الحجر الصحي على السفن، والمشاكل التي سببها تطبيق الحجر الصحي للتجارة، وعقوبات الإخلال بإجراءات الحجر الصحي البحري.