مع دخول الاحتلال الفارسي البلاد نهج بعض الملوك سياسة التسامح الديني تجاة الآلهة المصرية، ففي بداية عهد قمبيز ابدي احترمة للديانة المصرية حيث قام بترميم وإصلاح المعابد المصرية كمعبد نيت، كما قام بصنع تابوت من الجرانيت كنصب لابيس، مع فشل حملاتة أصابه لوثة فاظهر غضبه تجاة الديانة والشعب المصري ويؤكد ذلك اختفاء البلاطات الحجرية في عهده التي كانت تشير للكرم الملكي نحو المعابد كما خفض الموارد المالية لمعظم المعابد.
قام الملك داريوش بالعديد من الطقوس الدينية لكسب قلوب المصريين مثل تقديم القرابين للآلهه، قام بتجديد وترميم المعابد كمعبد اوزيرس ومعبد قصر الغويطة ومعبد هبيس، الغي قوانين قمبيز السيئة بالنسبة للمعابد، أعاد للكهنة حقوقهم، أعلن عن مكافأة لكل من يكتشف ابيس الجديد، كلف وجاحورسنت بإصلاح بيت الحياه في سايس، تم الربط بين تمثال داريوش في سوسة وبين عبادة آتون في هليوبوليس لانة تم نحتة أمام هيكل آتوم، قام خلفاء داريوش بمصادرة أملاك المعابد لذا يمكن القول ان المعابد المصرية عانت من ضائقة اقتصادية في ظل الحكم الاخميني.
بعهد الأسرات الوطنية المتأخرة انهالت ثروات البلاد علي المعابد كشكر للالهه ومرضاه للكهنة ولكن كان ذلك فوق قدرة مصر الاقتصادية، في عصر الاحتلال الفارسي الثاني تعرضت البلاد لسلب ونهب المعابد وامتهان الديانة المصرية.
تأثر الفرس الموجودين في مصر بالديانة المصريه وعبدوا الآلهة المصرية كالالة بس، مثال لعب أحمي الفارسي دوراً كبير خلال دفن ابيس، كما قام الإداريين الفرس بابتهالات فارسية للآلهة المصرية مثل اتياواهي واخية ارياوراتا، ولكن المصريين انفسهم فلم يتأثروا إلي حد كبير بالفرس مما جعل الفرس يحترمون الديانة المصرية.