وقد جاء في مقدمة، وتمهيد، وثلاثة مباحث، وخاتمة.
وتضمنت المقدمة أهمية الموضوع، وأسباب اختياره، وأهدافه، وأسئلة البحث، والدراسات السابقة، ومنهج البحث، وخطته، ثم بيان أهمية تفسير القرآن بالقرآن، وبيان مكانته، ثم مصادر أبي الليث السمرقندي في تفسير القرآن بالقرآن، وذلك من خلال ما يرجع إلى النقل، وما يرجع فيه إلى الاجتهاد، وعناية أبي الليث السمرقندي بتفسير القرآن بالقرآن، ومنزلة تفسير القرآن بالقرآن عند أبي الليث السمرقندي، ومنهجه في تفسير القرآن بالقرآن من خلال التفسير بأكثر من آية في الموضوع الواحد، وكذلك ترجيح القول المفسر بالقرآن، والتفسير بالسياق، والتفسير بقراءة أخرى، والتفسير بحمل المجمل على المبين، والتفسير بحمل العام على الخاص، والتفسير بحمل المطلق على المقيد، ثم خاتمة البحث بخاتمة وأهم النتائج والتوصيات، وفهارس البحث والمصادر والمراجع، وفهرس الموضوعات.
وجاءت التوصيات على النحو التالي :
- أهمية العناية بهذا اللون من التفسير؛فهو من أهم علوم التفسير وإبراز جهود علماء التفسير في ذلك وعنايتهم به خاصة أننا في عصر تكاثرت فيه أقوال المبتدعة والمارقين الذين تمكنت منهم الشبه، فنراهم يجتزئون بعض الآيات ويخرجونها عن سياقاتها.
- القيمة العلمية لتفسير أبي الليث السمرقندي مما يستوجب العناية به وإظهار جهوده في ذلك