هدف البحث الي دراسة وتحليل التحديات القانونية والضريبية للتجارة الإلكترونية في مصر، من خلال بيان التحديات والمشكلات التشريعية والقانونية والحلول المقترحة لها، وكذلك على الجانب الأخر بيان اهم مشكلات التحاسب الضريبي للتجارة الإلكترونية والحلول المقرحة لحل هذه المشكلات.
ولتحقيق هذا الهدف اتبع الباحثان المنهج التحليلي لوصف وتحليل مشكلة البحث، وكذلك المنهج الاستقرائي لاستعراض وتقيم الدراسات التي تناولتها القواعد القانونية والادب المحاسبي في مجال التجارة الإلكترونية لدراسة وتحليل وبيان أهم التحديات التي تواجه الجهات المختصة بفرض وتشريع وجباية الضرائب في مصر، وقد توصل البحث الي ان الأنظمة الضـريبية تواجه مشكلة كبيرة وتتمثل بظاهرة التهرب الضريبي التي تحاول أغلب الدول مكافحتها في الوقت الحاضر بسبب التطور التكنولوجي الذي يشهده العالم والذي ادي الي تطوير مفهومٌ جديد في طريقة إبرام العقود وعقد الصفقات واتمامها وهي التجارة الإلكترونية، كما توصل البحث الي وجود  قصور في الأنظمة التشريعية التي تنظم التجارة الإلكترونية.
واوصي البحث بضرورة اصدار التشريعات الضريبية اللازمة لفرض الضرائب على التجارة الإلكترونية وبشكل تدريجي، من خلال تحديد الإطار المفاهيمي والمبادئ والإجراءات الضريبية الخاصة بالتجارة الإلكترونية. وذلك من خلال اجراء تعديلات تشريعية على قوانين ولوائح الضرائب الخاصة بنظام التجارة التقليدية او اصدار تشريعات حديثة لمواكبة التجارة الإلكترونية ومتطلبات فرض الضرائب عليها.