تعرض صاحبا تفسير "المنار" لمباحث علوم القرآن، ومن أهمها المكي والمدني ،ويبدو ذلك عند بداية تفسير كل سورة ، فإنه يحدد نوعها مكية أم مدنية ، ثم يذكر الفرق بين السور المكية والمدنية مبينًا خصائص أسلوب كل منهما ، ثم أشار أيضًا إلى اختلاف العلماء في المكي والمدني من السور، كما يتفق مع رأي الجمهور أن المكي ما نزل قبل الهجرة ، والمدني ما نزل بعدها، ويعتمد صاحب المنار في بيان المكي والمدني من السور على المأثور من أقوال الصحابة والتابعين ، ذلك أن هذا العلم ليس للرأي والاجتهاد فيه مجال؛ كما تعرض لفواتح السور وهي الحروف المقطعة التي افتتح الله سبحانه بها بعض السور في القرآن الكريم واعتبر أنها على الأرجح أسماء لتلك السور المبتدئة بها ، والحكمة من افتتاح السور بها تنبيه السامع ، وأنها ليس لها معنى مفهوم غير مسمى تلك الحروف التي يتركب منها الكلام؛ كما تعرض لمبهمات القرآن فمن المعروف أن الله سبحانه وتعالى أبهم في القرآن أشياء واستأثر بعلمها ولم يبينها ، وكان منهجه فيها الوقوف عند النص القطعي لا تتعداه لذلك لا يجب أن نبحث عنها. لأن علم المبهمات مرجعه النقل المحض بأسانيد صحيحة ، ولا مجال للرأي فيه؛ ولقد تعرض تفسير المنار لعلم المناسبات وجعل الوحدة الموضوعية بين الآيات والسور أصلاً من أصول التفسير الذي لا يمكن الاستغناء عنه، ولو تعارض مع أسباب النزول أو أقوال المفسرين فإن السبق له ، ولا عبرة بما سواه مما جعل تفسير المنار مبدعاً في منهجه في المناسبات بين الآيات والسور.