تعرض تفسير المنار لكثير من القضايا الفقهية ومن أهمها عدم التقيد بمذهب فقهي معين ؛ حيث لم يتأثر صاحبا المنار بكثير من المفسرين والفقهاء ولم يتقيدا بمذهب معيّن من المذاهب الإسلامية المعروفة، فتارة يرجحان الشافعية أو المالكية أو الحنابلة أو الحنفية وأخرى مذهب ابن تيمية وتلميذه ابن القيم وتارة نجدهما مجتهدين اجتهادًا مطلقًا.
وأحيانًا يستعرض صاحب المنار أقوال الأئمة ويناقش هذه الأقوال دون ترجيح لرأي من الآراء ؛ إلا أن لهما آراء قد تخرج عن أقوال الأئمة الأربعة وفي هذا من الحرية الفكرية الكريمة ما فيه حيث يعتمدان على العقل المجرد في تفسيرهما للقرآن مما أدى ذلك إلى استنباط أحكام فقيه واسعة، لذا نجدهما قد خالفا جمهور العلماء في العديد من القضايا الفقهية ، وهذا الموقف مما يؤخذ عليهما،
وقد كان من ديدن محمد رشيد أن يعقد كثيرًا من الاستدراكات والاستطرادات بعد تفسيره للآيات، ويستشهد فيها بأقوال كثير من الفقهاء والمحدثين كابن حجر والشوكاني وغيرهما ، وكان من منهج الإمام محمد عبده في التفسير الإعراض عن مسائل الخلاف التي لا علاقة لها بفهم القرآن والاهتداء به، وعن الترجيح بين المذاهب الذي هو مثار تفرق المسلمين وتعاديهم، ويتبرأ من التعصب ومخالفة جمهور العلماء في العديد من القضايا الفقهية ،وبهذا يتضح تميّز تفسير المنار بالاهتمام بالبحوث الفقهية التي تتعلق بالأحكام .