تتمثل رسالة المحكمة في "إتمام ودعم مهام اللجنة في تعزيز وحماية حقـوق وحريـات وواجبات الإنسان والشعوب في الدول الأعضاء في الاتحاد الإفريقي" ، وقد جاء في المادة (٢ ( من البروتوكول " تتم المحكمة التكليف الوقائي للجنـة الأفريقيـة لحقـوق الإنسـان والشـعوب ("اللجنة") الذي كلفها به الميثاق الأفريقي لحقوق الإنسان والشعوب ("الميثاق"). هنا يكمن التقاطع الواضح بين اختصاصات المحكمة واللجنة في هذا المجال. 
للمحكمة النظر في كافة القضايا والنزاعات المقدمة لها، والتي تتعلق بتفسير وتطبيق هذا البروتوكول وأي اتفاقية أفريقية أخرى تتعلق بحقوق الإنسان، وفي حالة النزاع يكـون للمحكمـة اختصاص تسوية المسألة بقرار من المحكمة، وفقا للمادة (٣) من البروتوكول. من الملاحظ أن اختصاص المحكمة، فيما يتعلق بالتفسير موسـع، حيـث يعطـى حـق المطالبة به، لكل دولة عضو أو هيئة أو منظمة أفريقية معترف بها، كمـا يشـمل اختصاصـها التفسيري، كل الاتفاقيات الأفريقية المتعلقة بحقوق الإنسان، وهذا الاختصاص الموسـع فـي دور المحكمة التفسيري، "مستوحى من نموذج المحكمة الأمريكية لحقوق الإنسان، بينما يقتصـر دور المحكمـة الأوروبيـة بالقضـايا والمنازعـات المتعلقـة بالاتفاقيـة وبروتوكولاتهـا فقـط" . تتمتع المحكمة الأفريقية باختصاص قضائي (أولا) يسمح للدول الأطراف في الميثاق الأفريقي لحقوق الإنسان والشعوب، واللجنة الأفريقية لحقوق الإنسان والشعوب بتقديم الشكاوى. كما سمح نظام المحكمة، ولكن لأسباب استثنائية ،للأفراد أو لمجموعة من الأفراد أو المنظمات غير الحكومية بتقديم شكواهم أيضا. وتتمتع أيضا هذه المحكمة باختصاص استشاري