تواجه الزراعة المصرية العديد من المشكلات تحول دون إستغلال مواردها وتنفيذ مشروعاتها، ولا يمكن الفصل بين تلك المشكلات، ولا يقصد بهذه المشكلات قله أو ندرة مقومات الإنتاج الزراعى نفسه؛ وإنما الظروف البيئية والمشكلات البشرية التي تحكم وجود هذه المقومات، وعلى الكيفية التي تتم بها عمليات الإستغلال والصيانة، وتتمثل أهم المشكلات التي تقف أمام التنمية الزراعية في الجفاف وندرة موارد المياه، ارتفاع مناسيب الأراضى الجديدة، مشكلات التربة، التركز الشديد بجوار نهر النيل، الزراعة التقليدية، التضخم السكانى والتحميل الزائد على الموارد الزراعية، ارتفاع أسعار الغذاء، ارتفاع أسعار مدخلات العملية الزراعية، تفتت الحيازات وإنخفاض متوسط نصيب الفرد من المساحة المزروعة (0,07 فدان/ فرد) والمحصولية (0,14 فدان/ فرد)، والتعدى على الأراضى الزراعية بالبناء والتبوير وسوء الإستغلال، الرى بمياه الصرف الصحى والزراعى، سوء التسويق، زيادة نسبة الفاقد من الإنتاج الزراعى، انخفاض الاستثمارات المتاحة للتنمية الزراعية، وغياب الإرشاد الزراعى.
ومن هذا المنطلق فقد سعت الدولة منذ إرساء قواعد سياستها الزراعية إلى الخروج بخطط التنمية إلى المناطق التي تتوافر فيها مقومات الإنتاج الزراعى، وأن تقف أمام كل التحديات التي تواجه هذه التنمية في سبيل الوفاء بمتطلبات أبنائها، وتتوفر بالدولة مقومات التنمية الزراعية من موارد مائية وأرضية في مشروعات درب الأربعين، وشرق العوينات، وسهل الزيات، وسهلى قروين وبركة ومشروع جنوب الوادى (توشكى) والوادى الفارغ، وترعة السلام بشمال سيناء، مشروع المليون ونصف فدان، ومشروع المائة ألف صوبة زراعية، والدلتا الجديدة، ومستقبل مصر، وغيرهما الكثير.