تمثل الجزر النهرية في قطاع الخرطوم الكبرى أهمية كبيرة، حيث تمثل منطقة الدراسة محوراً لثلاثة نطاقات نهرية تختلف في خصائصها المورفومترية والمورفولوجية حيث نطاق النيل الأزرق الذي يتميز بشدة الانحدار وسرعة تدفق المياه والرواسب، ونطاق النيل الأبيض الذي يتميز باتساع المجرى وبطء الجريان مقارنة بالنيل الأزرق، ونطاق النيل النوبي والذي يمثل حلقة الاتصال حامل مياه النيلين الأزرق والأبيض، وقد استخدم في الدراسة النمذجة الهيدرولوجية وتقنيات الاستشعار عن بعد لمحاكاة حركة المياه بالمجرى وتطور الجزر النهرية.
تبين من الدراسة تناقص أعداد الجزر النهرية في المنطقة والذي بلغ عام (2004) 162 جزيرة بمساحة 71 كم2، أما عام (2018) فقد بلغ عددها 128 جزيرة بمساحة 56.2 كم2. وتختلف أشكال الجزر النهرية في المنطقة فمنها الجزر الدائمة والتي بلغ عددها 5 جزر بمساحة 25.98 كم2 عام 2018، وبلغت أعداد مواضع أراضي طرح النهر بالمنطقة 42 موضع بمساحة 109 كم2، وهي تمثل 7.6 % من مساحة السهل الفيضي عام 2018، أما بالنسبة للجزر الموسمية (الطميية والرملية) فقد بلغ إجمالي عدد الجزر الطميية التي ظهرت بالمنطقة حوالي 11 جزيرة بمساحة 14.2 كم2 من المرئيات الفضائية لعام 2018، وبالنسبة للارسابات الرملية فقد بلغ عددها 114 جزيرة منها في قطاع النيل الأزرق 62 جزيرة بمساحة 10.9 كم2، يليها قطاع النيل النوبي 49 جزيرة رملية بمساحة 2.3 كم2، ويعد قطاع النيل الأبيض أقل قطاعات منطقة الدراسة من حيث أعداد الارسابات الرملية حيث يوجد جزيرتان بمساحة 2.8 كم2، على الرغم من قلة أعداد الجزر الرملية في قطاع النيل الأبيض إلا أن مساحتها أكبر من إجمالي مساحة الجزر الرملية في قطاع النيل النوبي.