هذه الدراسة تهدف إلى الكشف عن العلاقة التبادلية لتأثير المنهج العلمي على الواقع المعرفي في فترتين زمنيتين مختلفتين، الأولى هي فترة ازدهار الحضارة الإسلامية والثانية هي الحقبة الحديثة والمعاصرة. بالإضافة الي محاولة رصد علاقة المنهج العلمي وتأثيره على العقل الإسلامي، سواء على مستوى الفرد أو على مستوى المجتمع، وقدرته على خلق وعي جماهيري، وأثر ذلك على خلق نشاط معرفي يقود إلى حركة التغيير في البنية الثقافية للمجتمع. وستركز الدراسة -أيضًا-على تحديد سمات المنهج العلمي من خلال التطبيقات العملية في هاتين الفترتين، ومحاولة الكشف عن أوجه التشابه والاختلاف بينهما، انطلاقًا من مسلمة أساسية يتأسس عليها البحث تنص على أن المنهج العلمي تتشكل سماته اعتمادًا على البنية الثقافية التي يُطبق فيها. ولهذا سوف تستعرض الدراسة نماذج من العلماء المسلمين في مجال العلوم الطبيعية مثل ابن سينا، ابن الهيثم، أو في العلوم الإنسانية والاجتماعية كابن رشد وابن خلدون. بالإضافة لبعض النماذج من العلماء والمفكرين في الحقبة الحديثة والمعاصرة. وهذا التحليل المقارن سيساعدنا في الإجابة عن سؤال رئيس، وهو: لماذا حققت أوروبا واليابان نهضة حقيقية بينما تواجه الحضارة الإسلامية تحديات في الانطلاق؟ ولماذا يفتقر العقل العربي إلى إنتاج معرفة حقيقية، على الرغم من تمتعه بجودة عالية في استيعاب العلوم والمعارف العلمية؟      تتمثل أهمية الدراسة في كشف العلاقة بين الممارسات العلمية وتأثيرها على إنتاج معرفة جديدة ومفاهيم جديدة، والقدرة على تحقيق تغيير في البنية الثقافية للمجتمعات الإسلامية. بالإضافة إلى تحديد طبيعة العلاقة بين الممارسات العلمية والبناء الثقافي الاجتماعي، سواء كانت علاقة تواصلية أم انفصالية. من ثم، تمثل الدراسة منهجًا جديدًا لاستكشاف العلاقة بين الممارسات العلمية والبناء الثقافي للمجتمع، وهذا المنهج الاستكشافي مبني على ثلاثة مراحل تابعة لعلم الرياضيات. مرحلة الجفاف Drought: وهي مرحلة انعدام الممارسة المنهجية العلمية داخل المجتمع. وهنا تبقى البنية الثقافية الاجتماعية تسيطر في تشكيل العقل وممارساته ومعتقداته، حيث تسيطر طرق أخرى غير علمية على تلك البنية وتُخضع ممارساتها لها، وهذا بدوره ينعكس على التطور الحضاري الذي وصلت إليه مثل تلك المجتمعات. وهذه المرحلة أطلقنا عليها المعادلة الصفرية "Zero game equation"، حيث إن العلاقة بين كلا الطرفين، المنهج العلمي والبنية الثقافية للمجتمع، محصلتها النهائية صفر. وهذه المعادلة هي التي تقودنا إلى ما أطلق عليه مفهوم التنافر البنائي Structural Incongruity. مرحلة الليونة Elasticity: وهي مرحلة تفاعلية بين البنية الثقافية للمجتمع والمنهج العلمي قد تتصف بالتقدمية progression أو بالتراجعية Regression، ولهذا أطلقنا عليها مرحلة التماس Tangentially. مرحلة التشبع Saturation: وهي المرحلة التي تحقق فيها الممارسات المنهجية مرحلة متقدمة داخل البنية الاجتماعية وينعكس هذا على مستوى الوعي الجماعي، وهي مرحلة تشهد بناء معرفي قويًا ونهضة حقيقية. هذه المرحلة أطلقنا عليها مرحلة التطابق "Homology" بين المنهج العلمي والمجتمع. وستخلص الدراسة إلى نتيجة مؤداها: أن الممارسات العلمية المنهجية للعقل العربي تقع في نطاق المرحلة الثانية، وأن ثمة عوائق إبستمولوجية، بنائية وثقافية تعيق الوصول إلى مرحلة التشبع.