كان للإخوان المسلمين أسبابهم وآلياتهم للخروج على الحكام، وقد انقسمت أسبابهم إلى أسباب حقيقية، وهي: الجهل، وهو من أهم أسباب الشطط الفكري عند الإخوان؛ حيث جعلهم يميلون للغلو والتطرف، وأصابهم بالكبر والغرور، كما أصابهم بالتعصب الأعمى للجماعة وهو السبب الثاني من أسباب الانقلاب على الحكام، فقد أفقدهم التعصب التوازن النفسي وغيَّب عقولهم، وجعلهم يسلكون مسلك العنف والإرهاب، أما الأساليب التي اتخذها الإخوان كذريعة للخروج على الحكام فهي: انتشار المنكرات حيث استغلوا الوضع لصالحهم، واستخدموا شعار تغيير المنكر ومحاربته لتحقيق أهدافهم السياسية.

والبطالة والفقر: وقد استغل الإخوان تلك الحالة؛ لبث سمومهم في عقول أصحاب هذه الطبقة، فأوغروا صدورهم على حكامهم.

وظلم الحكام: حيث تعامل الإخوان مع الحكام بشكل مختلف؛ فدائمًا ما يسلطون الضوء على المثالب دون المحاسن، بهدف دفع الناس للخروج عليه.

أما الآليات التي استخدمها الإخوان في الانقلاب على السلطة الحاكمة فتتمثل في: الاستخدام الخطأ للنص الديني؛ حيث أخذوا بظواهر النصوص دون النظر لمراميها ومدلولها، وتناولوا كل آية في القرآن تتحدث عن أهل الإيمان فجعلوها فيهم، وكل آية تتحدث عن أهل الكفر فجعلوها في المخالفين، مع استخدامهم النص لتبرير أفعالهم، والآلية الثانية التكفير: إن الفكر التكفيري متأصل في الجماعة منذ نشأتها، وقد استُخدم في دفع الشباب للوقوع في العنف والإرهاب، وهاتان الآليتان هما آليتا الخوارج نفساهما، وقد طور الإخوان تلك الآليات بتطور الزمان والمعرفة فاستخدموا آلية العنف والإرهاب: المتمثلة في القتل والذبح والحرق والتفجير والتخريب؛ لترويع الناس وإثارة الفزع والرعب في قلوبهم، وآلية الإعلام: فنشروا عن طريقه الشائعات، وروجوا الأكاذيب بهدف زعزعة الاستقرار وأمن الدولة، وآخر آلياتهم الشائعات: فعملوا من خلالها على تدمير العلاقات الإنسانية، وتزييف وعي الجماهير.