تواجه الجامعات المصرية العديد من المعوقات التي تحد من قدرتها التنافسية واحتلالها مراكز تنافسية في التصنيفات العالمية للجامعات وتؤثر على تفعيل حاضنات الأعمال البحثية بها، بعضها خارجي يفرضه الواقع الدولي والتحولات العالمية وبعضها داخلي يتمثل في انخفاض كفاءة مخرجاتها، وعدم ملائمتها لسوق العمل ومتغيرات العصر، لذلك هدف البحث الحالي إلى وضع آليات المقترحة للتغلب على معوقات تفعيل حاضنات الأعمال البحثية بالجامعات المصرية على ضوء معايير بعض التصنيفات العالمية، واستخدم البحث المنهج الوصفي، واعتمد على استبانة مكونة من(13) عبارة موجهة لعينة قوامها(674) من أعضاء هيئة التدريس والهيئة المعاونة بالجامعات المستهدفة، وتوصلت نتائج البحث إلى مجموعة من المعوقات التي تؤثر على تفعيل حاضنات الأعمال البحثية بالجامعات المصرية ومنها: قصور التخطيط الاستراتيجي وعدم وجود أهداف واضحة ومحددة للحاضنات البحثية بالجامعة، وضعف تسويق البحوث الجامعية، قلة الموارد المالية المتاحة لتمويل البحوث والمشروعات البحثية، وضعف قنوات الاتصال بين الجامعة والقطاعات المستهدفة من الحاضنة البحثية، وقلة الشراكة بين الحاضنات البحثية بالجامعات المصرية وحاضنات الجامعات الأجنبية، ضعف البنية التحتية اللازمة كالمعامل والأجهزة وتقنية المعلومات وشبكة الاتصال، ضعف عملية التقويم المستمر لمدخلات وعمليات ومخرجات الحاضنات البحثية.