اصبح الامن القومي المصري والسوداني يواجهان تهديدات كثير خاصة وأن انفصال جنوب السودان عن السودان هو بمثابة تحدي حقيقي للسودان ويرجع ذلك لفقدها أكثر من ثلث مساحتها بالإضافة الي ثروات ضخمة تتمتع  بها منطقة جنوب السودان وكل هذا سيترك اثر كبير علي السودان والمنطقة بأثرها ، وأن موقع مصر الجغرافي الذي جعلها في قلب التفاعلات وعلي الرغم من أن حدود جنوب السودان والحدود المصرية ليست علي ملامسة او تماس لكن مصر عرضة للتأثر بالأوضاع المستجدة في جنوب السودان .
عقب قيام ثورة يناير 2011 مباشرة كان هدف القيادة السياسية المصرية المؤقتة تدعيم العلاقات المصرية مع دول العالم اجمع وخاصة السودان لما لها من اهمية كبيرة للدولة المصرية فقد ظهر ذلك في اهتمام القيادة المصرية بعمل زيارات مكثفة للسودان بهدف بحث كافة سبل التعاون بين البلدين وبالفعل ازدهرت العلاقات الثنائية في تلك الفترة  مقارنة بالفترة السابقة ، وبعد تولي الرئيس المصري / عبدالفتاح السيسي منصب رئاسة الجمهورية حدث ازدهار في العلاقات المصرية السودانية وكان ذلك بسبب النهج الذي تبناه الرئيس عبدالفتاح السيسي تجاه السودان وتأكيد سيادته علي اهمية دعم الروابط الازلية والاستراتيجية بين البلدين مع ضرورة تجاوز اي خلافات سابقة بين البلدين .
Egyptian and Sudanese national security have become facing many threats, especially since the secession of South Sudan from Sudan is a real challenge to Sudan due to the loss of more than a third of its area in addition to the huge wealth enjoyed by the South Sudan region and all this will leave a great impact on Sudan and the region with its impact, and that Egypt's geographical location that made it at the heart of interactions and although the borders of South Sudan and the Egyptian border are not in contact or contact, but Egypt is vulnerable to being affected by the new situations In South Sudan.
Immediately after the January 2011 revolution, the goal of the interim Egyptian political leadership was to strengthen Egyptian relations with the countries of the whole world, especially Sudan, because of its great importance to the Egyptian state, as this was reflected in the interest of the Egyptian leadership in making intensive visits to Sudan in order to discuss all means of cooperation between the two countries, and indeed bilateral relations flourished in that period compared to the previous period, After the assumption of the post of President of the Republic by Egyptian President Abdel Fattah al-Sisi, there was a boom in Egyptian-Sudanese relations due to the approach adopted by President Abdel Fattah al-Sisi towards Sudan and his sovereignty stressed the importance of supporting the eternal and strategic ties between the two countries with the need to overcome any previous differences between the two countries.