يهدف البحث إلى بيان مخالفات المعهد العالمي للفكر الإسلامي في إصداراته المتنوعة في ما يخص السنة الشريفة:  كنموذج للانحرافات المنهجية في إصدارات المعهد. ينكر  بعض رواد المعهد كون السنة من الوحي، كما ينكر أكثرهم استقلاليتها بالتشريع، ويرون وجوب عرضها عل القرآن، وقد أثبت في هذا البحث كونها من الوحي ومستقلة بالتشريع بالأدلة الصحيحة التي لا مدفع لها. = يؤكد كثير من رواد المعهد على الحدود الزمانية والمكانية للسنة، وأنه خطاب خاص لأهل ذلك الزمان والمكان، وقد أجبت بفضل الله هذه الشبهة وبينت ما فيها من الفساد. يرى بعض رواد المعهد حصر السنة النبوية في ما واظب النبي صلى الله عليه وسلم على فعله، دون ما ينسب إليه صلى الله عليه وسلم الأقوال والأحاديث والأخبار المجردة، في مخالفة لمنهج وفهم عامة علماء الأمة، بل وفي مخالفة فجة للقرآن والسنة الصريحين. ذهب بعض رواد المعهد للتشكيك في ثبوت ما بلغنا من السنة النبوية الشريفة عن طريق: الزعم بأن السنة قد منع النبي صلى الله عليه وسلم من تدوينها، وتارة بحجة مخالفتها لعقولهم، ولم تسلم منهم حتى السنة المتواترة فزعم بعضهم أن المتواتر فيه الصحيح وفيه الضعيف، وقد أأجبت  عن ذلك كله مبيناً وهاء هذه الشبهات. من الادعاءات التي كثر ترويجها من قبل رواد المعهد أن متون الأحاديث لم تخضع لعملية النقد، وأن نقد علماء الحديث والسنة على مر القرون اكتفى بنقد الأسانيد وحدها، ولم يهتموا بالدراية بشكل كافي،  واتخذوا من ذلك ذريعة للطعن في الأحاديث التي ثبت صحتهها- بما في ذلك أحاديث الصحيحين-، وقد بينت بحمد الله وتوفيقه وهاء هذه الشبهة وضعفها. وكثر طعن رواد المعهد في عملية التصحيح والتضعيف فتارة يطعنون في العلماء بقبول الأحاديث وردها وفقاً للأهواء النفسية، وتارة يردونها لمخالفتها أذواقهم مدعين أنها تخالف العقل. مما وقع لبعض رواد المعهد : لمز  المنهج السلفي بأنه ممنهج حرفي، وادعاء أن الصحابة رضي الله عنهم قد اختلفوا في فهم السنة النبوية دون القرآن الكريم، وهو كلام ضعيف كما تبين في المناقشات والردود. أن ما يردده هؤلاء من شبهات حول السنة هو من دلائل نبوة النبي صلى الله عليه وسلم حيث أنبأنا من أربعة عشر قرنا بحدوث ذلك. دعا بعض رواد المعهد إلى استحداث مناهج متعددة لفهم السنة النبوية مختلفة عن مناهج الفقهاء المعروفة.