تواجه الإدارة الضريبية المصرية تحدياً كبيراً لإمكانية استغلال المراحل المختلفة لنظم المعلومات المحاسبية في ممارسة عمليات التهرب الضريبي؛ وعلى الجانب الآخر تواجه الاقتصاد غير الرسمي كظاهرة للتهرب الضريبي الكلي والخفي . لذا هدفت الدراسة  التعرف على أوجه القصور بمنظومة الضرائب الرقمية المصرية الحالية، من خلال ثلاث متغيرات هما:1- التعرف على مدى ما وصلت إليه قاعدة بيانات الممولين الحالية  من تكامل وترابط بحصر جميع تعاملاتهم2- التعرف على أوجه القصور في المعايير القانونية المنظمة لحسابات الإلكترونية لأنشطة الممولين3- التعرف على أوجه القصور في المهارات الحاسوبية للفاحصين الحاليين؛ وذلك بهدف تطوير تلك المنظومة من خلال تقديم إطار تطبيقي مقترح لرفع كفاءة الفحص الضريبي الشامل.   اعتمد الباحث في إجراء الدراسة الميدانية على قياس وجهة نظر عينة من مجموعتين رئيسيتين هما الأكثر ارتباطاً بموضوع الدراسة (فاحصين ضريبة الدخل، فاحصين ضريبة القيمة المضافة) العاملين بمركزي كبار ومتوسطي الممولين ومركز كبار المهن الحرة بالقاهرة بعدد 217 استقصاء. تم اختيار مجموعة من أساليب تحليل واختبار الفروض من خلال استخدام حزمة أساليب التحليل الإحصائية الخاصة بالعلوم الاجتماعية والمعروفة باسم برنامج Spss. وقد خلصت الدراسة مجموعة من النتائج من أهمها أنه يوجد تأثير معنوي عكسي بين الإطار المقترح لرفع كفاءة الفحص الضريبي الشامل بهدف تطوير منظومة الضرائب الرقمية المصرية الحالية وبين أوجه القصور في منظومة الضرائب الرقمية المصرية الحالية.