العصور القديمة والوسطى خلا مضمون التنفيذ العقابي من الاعتبارات الإنسانية والاجتماعية اللازمة لإصلاح الجاني، حيث كانت السياسة الداخلية للسجون تقتصر على العقاب الذي يهدف إلى الردع العام والخاص، فكانت السجون تبنى بشكل يوحي بالرهبة والكآبة، وكان السجين يعامل معاملة قاسية ومؤلمة ودون مراعاة مبادئ التصنيف ، فيتم تعذيبه عن طريق الحبس الانفرادي أو عن طريق جلده أو تكليفه بأشغال مرهقة ويتلقى العذاب دون رحمة وفي أماكن مظلمة وكئيبة ، بهدف التشفي والانتقام منه.
ثم بدأ هذا المضمون بالتغير مع تطور أغراض العقوبة، فأصبحت العقوبة في الوقت الحالي هدفها التحرز على المجرمين والحيلولة دون معاودتهم لارتكاب الجرائم وحمايتهم من الثأر والانتقام، أما هدف عقوبة السجن فهي بالإضافة للردع العام والردع الخاص، هدفها إصلاح المحكوم عليه وعلاجه وتهذيبه وتأهيله اجتماعيًا وإعداده للمستقبل وتهيئته للاندماج مجددا في المجتمع، مع الحفاظ على هدف العدالة.
ولقد أثبتت الدراسات العلمية الجنائية - بعد ظهور علم الإجرام - أهمية العناية بالخطورة الإجرامية لدى الجناة، من أجل إصلاح المجرم والمنحرف وتوفير سبل إعادة انصهارهما في المجتمع وقد تزودا بما يؤهلهما لحياة اجتماعية سليمة، ولذلك ازدادت أهمية التنفيذ العقابي مما مهد لنشأة علم مستقل بذاته وهو علم العقاب، "والذي يعتبر فرعًا من فروع العلوم الجنائية يبحث في الغرض الحقيقي من توقيع الجزاء الجنائي، واختيار أنسب الوسائل لتنفيذه من أجل تحقيق أهدافه وأغراضه المتمثلة في التأهيل والتهذيب والإصلاح والردع العام والخاص. والغاية من هذا البرنامج تحسين حالة المحكوم عليه وتأهيله وإصلاحه وإعادته للمجتمع سالما من شوائب الإجرام.