1- لاختلاف القراءات فوائد كثيرة أهمها بيان الأحكام الشرعية المجمع عليها، والجمع بين حكمين مختلفين ، وبيان الاختلاف في حكمين شرعيين ، وتجلية عقيدة ضل فيها بعض الناس .
2- اتفق العلماء على جواز الاحتجاج بالقراءات المتواترة ، واختلفوا في الاحتجاج بالقراءات الشاذة فمنهم من ذهب إلى جواز الاحتجاج بها وهم الحنفية والراجح عند الحنابلة ، وجمهور الشافعية، وحجتهم أنها في حكم أحاديث الآحاد فهي كخبر الواحد ، ومنهم من ذهب إلى عدم الاحتجاج بها وهم المالكية، والشافعي في أحد قوليه، وحجتهم أنه نقلها على أنها قرآن، ولم ينقلها على أنها خبر، والقرآن لا يثبت إلا بالتواتر .
3- اشترط الحنفية للاحتجاج بالقراءة الشاذة أن تكون مشهورة ، واشترط الحنابلة للعمل بها صحة إسنادها بنقل العدل لها عن رسول الله ﷺ ، واشترط جمهور الشافعية عدم مخالفتها لرسم المصحف وعدم وجود ما هو أقوى منها .
4- لاختلاف القراءات المتواترة أثر واضح في توجيه الأحكام الشرعية الاعتقادية، وهو توجيه مبنى على ترسيخ مبادئ العقيدة، فهو اختلاف تنوع وتكامل، وليس اختلاف تضاد وتناقض ،وظهر ذلك جلياً في قوله تعالى ﴿وَجَعَلُوا الْمَلَائِكَةَ الَّذِينَ هُمْ عِبَادُ الرَّحْمَـنِ ﴾ فبينت هذه القراءة أن الملائكة عبيد لله وليسوا بناته كما زعم الكفار، وبينت القراءة الأخرى" عند الرحمن" علو منزلة الملائكة والقرب في الدرجة، وليس القرب في المسافة .
5- لاختلاف القراءات المتواترة أيضاً دور بارز في توجيه الأحكام الشرعية الفقهية، فكانت مصدراً لاختلاف الفقهاء في كثير من الأحكام، مثل: صلاة ركعتين خلف المقام، والخلاف في شرط حد الأمة المحصنة ، وحكم غسل الرجلين في الوضوء ، وحكم كفارة اليمين ، والواجب في قتل الصيد في الحرم ، وحكم التساؤل بالأرحام، إلى غير ذلك من الأحكام الفقهية التي كان لاختلاف القراءات أثر بيّن في توجيهها.
6- كما كان لاختلاف القراءت الشاذة إسهام جلي في توجيه بعض الأحكام الفقهية، فعدها بعض الفقهاء دليلاً يحتج به لاثبات الحكم الشرعي، والبعض الآخر لم يعتد بها .
7- من الأحكام الفقهية التي استند الحكم فيها إلى القراءات الشاذة، القول بسنية الطواف بين الصفا والمروة، ووجوب التتابع في قضاء رمضان، والقول بسنية العمرة، وبيان أن الصلاة الوسطى هي صلاة العصر، ووجوب التتابع في صوم كفارة اليمين .
8- ذهب الحنفية إلى القول بسنية العمرة، ووجوب التتابع في كفارة اليمين استناداً لقراءة ابن مسعود، وفي الوقت ذاته لم يذهبوا إلى القول بوجوب التتابع في قضاء رمضان؛ لأن القراءة الشاذة ليست قراءة ابن مسعود فليست مشهورة ففقدت عندهم شرط الاحتجاج .
9- ذهب الشافعي إلى ترجيح أن الصلاة الوسطى هي صلاة الصبح ، ثم ذهب إلى أنها صلاة العصر، ولكنه لم يستند إلى القراءة الشاذة ، وإنما استند إلى الأحاديث الصحيحة المروية في ذلك، فهو لا يعتد بالشاذ إذا وجد ما هو أقوى منه.
10- كان للتوجيه اللغوي للقراءات أكبر الأثر في توجيه الحكم الشرعي، فاختلفت الأحكام تبعاً لاختلاف القراءة صوتياً أو نحوياً أو صرفياً أو دلالياً.