لقد بدأت البحث بفضل الله تعالى بمقدمة موجزة بينت فيها الحاجة الماسَّة إلى تدبر القرآن الكريم والوقوف على أسراره ومعانيه، ثم قمت بعمل خطة مفصلة للبحث ذكرت فيها أسباب اختياري للموضوع في نقاط محددة، موضحًا إشكالية البحث وفيها الرد على تساؤل هل هناك منهجيات تربوية ودعوية في سورة آل عمران؟ وما هذه المنهجيات؟ ولقد حددت أهدافًا للبحث وذكرت الجهود السابقة وبينتُ منهجي في البحث، وكذلك عملي فيه. وقسّمت البحث إلى أحد عشر مبحثًا، تحدثت في المبحث الأول عن التعريفات المهمة الواردة به، ثم عددت المنهجيات محلّ الدراسة وهي الاصطفاء، الحوار مع أهل الكتاب والإنصاف في الحكم عليهم، نبذ الفرقة والحثّ على الاعتصام والوحدة، تصويب الخطأ في التصورات، الحجة والدليل والبرهان، التعويض والجبر، التحذير من بطانة السوء، الصبر من عدة المؤمنين، الدعوة وشروط الخيرية، الارتباط بالدعوة والمنهج وأن كل الرسل بشر وكل البشر كُتب عليه الفناء، وأخيرًا منهجية الإنصاف في الحُكم. ثم أنهيت البحث بالنتائج، والتوصيات والفهارس.