يرتب إتفاق التحکيم الصحيح أثاراً إيجابية وأخري سلبية سواء في مواجهة أطراف إتفاق التحکيم أو الخلف العام أو الخلف الخاص أو الغير ممن ينصرف إليهم أثر اتفاق التحکيم. ومن الآثار السلبية لاتفاق التحکيم امتناع أطراف خصومة التحکيم عن اللجوء إلي قضاء الدولة، و أنه يتعين علي المحکمة القضاء بعدم قبول الدعوي حال الدفع بالتحکيم، ما لم يکن اتفاق التحکيم باطلاً واضح البطلان، شريطة التمسک بهذا الدفع قبل إبداء الدفوع الموضوعية، لکونه ليس من النظام العام.
أما الأثر السلبي الآخر لاتفاق التحکيم فهو اختصاص القاضي الوطني باستصدار أوامر وقتية أو تحفظية أو في المسائل المستعجلة، سواء کانت قد انعقدت هيئة التحکيم أو لم تنعقد بعد لا يعد تنازلاً عن اتفاق التحکيم، و إن کان المشرع الفرنسي قد أدخل أمراً جديداً، و هو محکم الطوارئ الذي يجوز للأطراف اللجوء إليه لإصدار الإجراءات التحفظية أو الوقتية حتي قبل تشکيل هيئة التحکيم، إذ أن هذه الإجراءات التحفظية أو الوقتية لا تمس الحق موضوع النزاع، وأن هذه الحماية الإجرائية هي وسيلة للحماية الموضوعية للحق محل النزاع المحال فيه إلي التحکيم.