لقد تأثر قاع مجرى نهر النيل تأثيرًا کبيرًا بعد بناء السد العالي بصفة عامة، حيث تغير منسوب قاع المجرى، بسبب قلة التصرفات المائية، وبالتالي ميل النهر للارساب. کما عملت قناطر نجع حمادي القديمة والجديدة علي إحداث تغير في مورفولوجية المجري بمنطقة الدراسة، تمثلت في تغير أبعاد المجري وخصائص مقطعه العرضي، کما زادت مساحة الجزر النهرية بقطاع الدراسة نتيجة زيادة معدلات الارساب.
ويهدف البحث الحالي إلي معرفة العوامل المؤثرة علي وعورة قاع المجري، وتحديد مواضع الاختناقات الملاحية التي يجب التدخل لتعديل أبعاد المجري في تلک المواضع. لذا تم الاستعانة بالخرائط الهيدروطبوغرافية مقياس 1: 5000 وتقنيات نظم المعلومات الجغرافية، لدراسة ورصد التغيرات التضاريسية التي حدثت بقاع المجري النهري والناتجة عن إنشاء قناطر نجع حمادي، وتحديد المواضع المعرضة للارساب والتنبؤ بها مستقبلاً. وقد توصلت الدراسة إلي تأثر قاع مجرى النيل بالمنطقة بإنشاء قناطر نجع حمادي، حيث انخفضت معدلات النحت وارتفعت معدلات الارساب خاصة بقاع المجري بمنطقة الدراسة، وخاصة في قطاع نقنق - الخيام.