يهدف البحث إلى تنمية مهارات البحث العلمي والتفکير الناقد لدي التلميذات بالمرحلة الإعدادية، وذلک من خلال برنامج النظام الذکي لمعالجة المعرفة، وتکونت مجموعتي البحث من (64) تلميذًة وقسمت إلي (32) تلميذة لمجموعة الضابطة بمدرسة أحمد لطفى السيد، و(32) تلميذة لمجموعة التجريبية بمدرسة صفية زغلول والمدرستين بإدارة الزاوية الحمراء التعليمية بمحافظة القاهرة، وقد استخدمت الباحثة المنهجين البحثين التاليين: المنهج الوصفي التحليلي عند إعداد البرنامج ودليل المعلم وأدوات البحث وهى قائمة مهارات النظام الذکي لمعالج المعرفة، وقائمة مهارات البحث العلمي، وقائمة مهارات التفکير الناقد، واختبار مهارات البحث العلمي، واختبار التفکير الناقد، أما المنهج الثاني فهو المنهج التجريبي ذو المجموعتين الضابطة والتجريبية عند التأکد من فاعلية البرنامج. وطبق البرنامج مع تطبيق أداتي التقويم على مجموعتي البحث تطبيقًا قبليًا وبعديًا، وکشفت النتائج عن وجود فرق دال إحصائيًا عند مستوى (0.05 ≥ α) بين متوسطي درجات تلميذات المجموعة الضابطة والتجريبية في التطبيق البعدي لأداتي التقويم لصالح المجموعة التجريبية، وبين متوسطي درجات تلميذات المرحلة الإعدادية المجموعة التجريبية في التطبيق القبلي والبعدي لأداتي التقويم لصالح التطبيق البعدي؛ مما أکد فاعلية البرنامج القائم على النظام الذکي لمعالجة المعرفة في العلوم لتنمية مهارات البحث العلمي والتفکير الناقد لدي التلميذات بالمرحلة الإعدادية، وقد اوصى البحث تدعيم برامج إعداد المعلم بکليات التربية من خلال: تدريب المعلمين على استخدام مبادئ التعلم القائم على النظام الذکي لمعالجة المعرفة وتطبيقاته التربوية في عمليتي التعليم والتعلم، واهتمام القائمين على تخطيط المناهج وتنفيذها بتنمية المهارات البحث العلمية التفکير الناقد کأحد أهم المهارات الواجب تناولها خلال المناهج بصفة عامة وفى مناهج العلوم بصفة خاصة ليصبح المتعلم قادرًا على الإسهام في حل المشکلات اليومية التي تواجهه لمواکبة العصر الحالي بکل تحدياته.