يعتبر الانسان هو المسبب الرئيسى لتلوث مياه البحار نتيجة لنشاطه السلبى مثل التخلص من النفايات الصناعية فى نهر النيل والبحيرات المصرية والتخلص من مخلفات الصرف الصناعى والصحى وغيرها من مصادر التلوث مما يؤدى فى نهاية الامر الى تلوث الاسماک بالمعادن الثقيلة مثل الزئبق والکادميوم والرصاص وعندما يتغذى الانسان على هذه الاسماک فان نسبة هذه العناصر تزداد فى جسمه مسببة له الضرر.وقد اکدت دراسات جهاز شئون البيئة فى مصر ان نهر النيل وفروعه بالمحافظات يعانى من مشکلة تلوث حاد فى مياهه حيث يتم القاء وصرف مايقرب من 4مليار متر مکعب سنويا فية من المخلفات الزراعية والصناعية التى تحمل احماضا ومواد عضوية ومبيدات حشرية وزراعية ومعادن ثقيلة.
وقد اسفرت نتائج الدراسة عن انخفاض کمية الانتاج السمکى ببعض مصايد الجمهورية لکل من المياه البحرية والمياه العذبة وحقول الارز بنسبة 18% ،8% ، 45% على الترتيب .
کما اسفرت الدراسة عن انخفاض کمية الانتاج السمکى بالمياه العذبة طبقا للاصناف خلال فترة الدراسة حيث انخفض کمية انتاج کل من البلطى- المبروک-البياض-قشر البياض- البساريا – اللبيس –الحنشان بنسبة 12% -46 % -7%-43%69%-23% -80% على الترتيب .
کما اوضحت نتائج الدراسة ان محافظه القاهرة احتلت المرتبة الاولى فى دلائل تلوث مياه نهر النيل فى حين ان باقى المحافظات احتلت المرتبة المتوسطه فى تلک الدلائل عدا محافظتى القليوبية وکفر الشيخ حيث احتلت المرتبة المنخفضة فى دلائل التلوث.