تهدف هذه الدراسة إلى معرفة تأثير العمارة والفن فى العصور الإسلامية على الزخارف والنقوش القبطية على الكنائس الأثرية بمحافظات مصر العليا، فقد كان للحضارة الإسلامية والفن الإسلامي أثراً كبيراً على العمارة القبطية فى مصر فى مختلف العصور، وقد ظهر هذا التأثير جلياً فى كثير من المكونات المعمارية والفنية فى العمارة القبطية، فقد كان للعمارة الإسلامية تأثيراً على تخطيط الكنائس، والعناصر المعمارية المختلفة داخل الكنائس مثل الأعمدة والدعامات، العقود، القباب ومناطق انتقال القباب كالمثلثات الكروية، الحنايا الركنية، الأقبية، وكذلك كان للفن الإسلامي تأثيراً كبيراً على الفن القبطي - وتحديداً فى مجال الزخارف والنقوش على العناصر الطقسية داخل الكنائس -ويتجلى هذا التأثير فى الزخارف المنفذة فى البناء، الزخارف الجصية،  زخارف الآثاث الكنسي كالأحجبة الخشبية، تجميع الحشوات وتعشيقها وتطعيمها بالمواد الأغلى ثمناً، زخرفة الأطباق النجمية، الزخرفة بالسدايب البارزة، الشخشيخة، الزخارف الطولية المتدرجة، الزخرفة الإشعاعية، استخدام الزخارف الكتابية وغيرها. بدأت بعض تأثيرات الفن الإسلامي على الفن القبطي مع بدايات القرن العاشر الميلادي/ الرابع الهجرى، وهي واضحة فى الزخارف الجصية التى ما زال بعضها باقياً ، وقد شهد القرنان (10-11م/4-5هـ) بعض مظاهر تداخل الفن القبطي والفن الإسلامي، وأكثرها وضوحاً زخارف الحشوات الخشبية في هياكل أحجبة الكنائس التى تعود للعصر الفاطمي، وقد تنوعت موضوعات هذه الحشوات فشملت زخارف نباتية وهندسية وحيوانية وغيرها. كما كان للغة العربية أثراً كبيراً على الثقافة القبطية، فقد دخلت اللغة العربية المخطوطات المسيحية منذ بداية القرن الثامن الميلادي/الثالث هجرى: إذ عثر على العديد من الكتب المسيحية التى كتبت باللغة العربية، وقد استخدمت اللغة العربية فى كتابة أسماء القديسين المصورين بالمخطوطات، ولم يقتصر استخدام اللغة العربية على المخطوطات فقط بل استخدمت على العمائر والآثاث الكنسي جنباً إلى جنب مع الكتابة القبطية.