تعتبر كنيسة القديس مرقوريوس من أهم كنائس الفسطاط من الوجهتين التاريخية والأثرية، وقد طرأت عليها كثير من التغيرات منذ انشاءها حتى ما بعد جائحة كورونا، وبدت كمتحف مفتوح للزائرين يضم اعمال فنية وأثرية ومعمارية، لذا هذه الورقة البحثية تسلط الضؤ على أعمال الترميم والتجديدات الأثرية، الفنية والمعمارية في الفترات; 1-القرن العاشر الميلادي أيام البابا إبرآم السرياني الثاني والستون والمعز لدين الله الفاطمي. 2-القرن الثاني عشر الميلادي (1174م) أيام الشيخ أبو الفضل يوحنا ابن كثيل المعروف بالأسقف. (1176م) في عهد البطريك الثالث والسبعون مرقس الثالث والشيخ أبو البركات بن أبو سعيد هبلان المعروف بالكاتب. 3- منتصف القرن الثامن عشر الميلادي أيام يوحنا الأرمني وأبراهيم الناسخ.  4-القرن التاسع عشر(1897م). 5-القرنين العشرين والواحد والعشرين(1930م، 1940م). (1988م-1989م) بمشاركة المجلس الأعلى للآثار. (1995م حتى ما بعد جائحة كورونا) بمشاركة لجنة هندسية من أساتذة جامعات كلية الهندسة.