تم تناول المياه الجوفية بواسطة نمذجة إحتمالية تواجدها وتوزيع نطاقاتها، ثم دراسة خصائصها الهيدروکيميائية وحصر المواقع الأکثر تضرراً بالمياه الجوفية ورصد مظاهر التلف، ليفسر إرتفاع منسوبها نتيجة للتصريف المرکزي بالمنخفض بجانب التوسع الزراعي بهوامش منطقة الدراسة مما أدي لإرتفاع نسبة ترکز الأملاح بها مما أثر على المواقع الأثرية؛ لترتفع المياه الجوفية بمناطق جنوب وشمال شرق بحيرة قارون بموازة خط الساحل ومع إمتداد الأودية الجافة المتقاطعة مع إمتداد وإنتشار الإنکسارات کما هو الحال بشمال وغرب منطقة الدراسة ذات التکوينات الإرسابية، مما يؤثر على المناطق الأثرية الواقعة بنطاقاتها. أما على صعيد کيميائية المياه الجوفية فنجد بأن ترکز الأملاح الکلية الذائبة بلغ معدله حوالى 4125 ملليجرام / لتر؛ لتتراوح نسب الأملاح الکلية الذائبة بالمياه الجوفية مابين 410 – 45675 ملليجرام / لتر، مع إزديادها صوب أطراف المنخفض الجنوبية وصوب الغرب الشمال، ليرتفع ترکز الأملاح الکلية الذائبة بشمال خشمة الديب وشرق قارة الخشمة لتتراوح مابين 22000 – 30000 ملليجرام / لتر، بينما تراوحت مابين 410 – 3600 ملليجرام / لتر بوسط المنخفض، مع إزديادها صوب أطراف المنخفض. وبالنسبة لترکيز کاتيون الکالسيوم فنجده يتراوح مابين 2.6 – 602.4 ملليمکافئ / لتر بما يعادل 26 – 8950 ملليجرام / لتر، فى حين يصل المعدل العام لترکيز الکالسيوم حوالى 10.2 ملليمکافئ/ لتر بما يعادل 191.6 ملليجرام / لتر مع إزدياد ترکيزه بالإتجاه صوب الشمال وجنوب منطقة قصر الباسل وغرب الغرق السلطانى والجزء الغربى وجنوب بحيرة قارون.  أما على صعيد ترکيز الماغنسيوم فيترکز بقيم تراوحت ما بين1.98 – 61.81 ملليمکافئ/ لتر، بما يعادل 24– 751 ملليجرام/ لتر، ليصل المعدل العام حوالى 9.53 ملليمکافئ/ لتر، مع ترکز الماغنسيوم بشکل کبير بشمال قارة الرصاص بحوالى61.81 ملليمکافئ / لتر، فى حين جاء ترکز الصوديوم  بحوالى 55.03 ملليمکافئ/ لتربمايعادل 1265.1 ملليجرام/ لتر، وتتراوح درجة ترکيزه مابين45 – 15300 ملليجرام/ لتر، أما بالنسبة لترکيز بيکربونات الکالسيوم فتراوحت مابين 0.04 – 122.9ملليمکافئ/ لتر بما يعادل 23 – 861.8 ملليجرام / لتر، کما يأتي ترکز الکبريتات مابين 1.07 – 136.6 ملليمکافئ / لتر. وجاءت نتائج نمذجة خطورة کيميائية المياه الجوفية بإرتفاعها بنطاق وجنوب غرب بحيرة قارون إضافة لنطاق مدخل الفيوم حيث آثار هرمى هوارة واللاهون وآثار غراب، کما يمتد شرق هوارة عدلان. لتتعدد مظاهر التدهور بالمواقع الأثرية مابين التأکسد وعمليات الإذابة وعمليات التبلور الملحي والبقع الميکروبولوجية لتنتشر هذه المظاهر بآثار هرم اللاهون وهوارة وآثار أم البريجات ومسجد قايتباي وعلى الروبي وآثار کيمان فارس.