تواجه الجامعات المصرية العديد من التحديات في ظل اقتصاد المعرفة وتداعياته على المجتمع ومؤسساته الإنتاجية والخدمية على المستوى العربي والأفريقي والمحلى وتتمثل تلک التحديات في شدة التنافس بين الجامعات في ظل التوسع في انشاء جامعات جديدة في نطاق البيئة المحيطة مما زاد التنافس حول جذب الطلاب والباحثين من خلال التميز في جودة الخدمات التعليمية والبحثية والخدمية المقدمة ،کذلک عجز المخرجات الجامعية من تلبية متطلبات التنمية المستدامة وتطلعات واحتياجات المجتمع ، ايضاً ثورة الاتصالات وتکنولوجيا المعلومات والثورة المعرفية ونقص الموارد المالية واللوجستية وغيرها من التحديات التي تواجه الجامعات المصرية.