إنَّ موضوع الفکر السلفي وبروزه على الساحة الإسلامية کان له کثير من السلبيات وقد تناولت في هذا البحث أمرين يتعلقان بسلبيات الفکر السلفي المعاصر وهي:
الأمر الأول: وقوفهم حرفيًا مع ظاهر أحاديث رسول الله- - وفعله دون النظر إلى فقه المآلات وجاء نموذج رمي الجمرات وما يحدث کل عام من وقوف عند ظاهر النص ادي إلى وقوع حالات موت لا يرضى الشارع الحکيم عنها نتيجة تمسکهم بظاهر فعل النبي- - من أنَّه لا يجوز الرمي قبل الزول، وأنَّ صحابة الرسول- - لم يقفوا على ظاهر النص حينما أمرهم بعدم الصلاة إلا في بني قريظة، فاجتهد کل فريق منهم في فهمه لحديث الرسول دون إنکار من رسول الله-- على أحدهم.
الأمر الثاني: وهو إزکاء الخلاف الفقهي وما له من سلبيات أدت إلى تفرق الأمة وتشرزمها، والنماذج على ذلک کثيرة منها على سبيل المثال لا الحصر مسالة رفع اليدين عند الدعاء في صلاة الجمعة، وکذلک مسألة إخراج زکاة الفطر قيمة ومسألة السبحة وزيارة قبور الأولياء وغيرها من المسائل الخلافية بين العلماء.