يعد الاختلال الهيکلي اختلالاً في علاقات التوازن العام التي تؤثر على الاستقرار الاقتصادي أو هو اختلالاً في العلاقة النسبية بين عناصر الهيکل الاقتصادي ومکوناته المؤثرة في النمو الاقتصادي. وتعانى مصر من اختلالات هيکلية مختلفة ومترابطة ومتبادلة التأثير نتيجة أسباب اقتصادية وسياسية واجتماعية متباينة. ويعد نموذج الفجوتين (فجوة الموارد وفجوة التجارة الخارجية) السبب الرئيسي في تفسير استمرارية الاختلالات الهيکلية في مصر سواء اختلالات داخلية أو خارجية والتي تتسم بطابع الاستدامة لما لها من تأثيرات سلبية مستمرة على مسار الاقتصاد المصري. ومن أهم تلک الاختلالات الهيکلية الاختلال السلعي والاختلال المالي والنقدي والاختلال الخارجي وتأثيراتها السلبية على معدلات النمو الاقتصادي وعجز الموازنة العامة والميزان التجاري وما نجم عن ذلک من مشاکل اقتصادية مستمرة تتمثل في تزايد المديونية الخارجية وتراجع الاحتياطي النقدي وتدهور قيمة الجنية المصري وتزايد معدلات البطالة والتضخم وقصور مؤشرات التنمية البشرية وتزايد معدلات الفقر. ولتفادى تلک المشکلات وما ترتب عليها من نتائج قامت مصر بتطبيق استراتيجيات تنموية مختلفة، إلا أنها لم تکن فعالة في علاج تلک المشکلات نظرا لما يشوبها من ضعف وقصور وعدم القدرة على تحقيق التنمية الشاملة.