نستخلص مما سبق أن الأخطار البيئية لمنخفضى الداخلة والخارجة تنقسم إلى أخطار طبيعية وأخطار بشرية، فالأخطار الطبيعية التى تواجهها منطقة الدراسة من أهمها الإنهيارات الأرضية، حيث تتعدد مخاطرها لتعانى منها العديد من عناصر الحياه البشرية من أهمها الطرق الرئيسية والفرعية لمنطقة الدراسة، ومن أهم هذه الطرق طريق أسيوط / الخارجة وطريق الخارجة / الداخلة وطرق السکک الحديدية.
کما تتعرض بعض المنشأت العمرانية بمنخفضى الداخلة والخارجة لخطر الإنهيارات الأرضية خاصةً المنشأت السياحية، فنظراً لإستغلال المناظر الطبيعية فى منخفض الداخلة تحرص العديد من الفناطق السياحية للبناء بين الجبال مما يعرضها لخطر الإنزلاقات الصخرية کما هو الحال فى فندق ديزرت لودج فى الداخلة. کما تتعرض الأراضى الزراعية لخطر الإنهيارات الأرضية وذلک بسبب حرص أهالى منخفضى الداخلة والخارجة على الزراعة فى أى مکان حتى على المنحدرات أو بجانب الجبال نظراً لوجود المياه مما يعرض هذه الأراضى لخطر الإنهيارات الأرضية والصخرية.
کما تمثل التجوية الملحية أحد أهم الأخطار الطبيعية التى تعانى منها منطقة الدراسة، حيث تتعرض المنشأت العمرانية والطرق والعيون والأبار لخطر التجوية الملحية مما يؤثر على سبل الحياه بمنطقة الدراسة. کما تتعرض أيضاً لخطر التجوية الميکانيکية التى تؤدى لحدوث التقشر وهو إنفصال الطبقة السطحية لصخور وجدران المعابد الأثرية، والتفکک الحبيبى نتيجة تأثير جدران المعابد الأثرية بالإشعاع الشمسى، والتفکک الکتلى حيث تعمل التجوية الميکانيکية على تکسير جسم الصخور المکون للمعابد الأثرية وإنقسامه.
کما تتعرض منطقة الدراسة للأخطار البشرية التى من أهمها الجفاف الهيدرولوجى التى تتعرض له مياه العيون والأبار نتيجة زيادة عمليات السحب السنوى للمياه الجوفية، وذلک بسبب عمليات التوسع الزراعى وتزايد عدد شرکات الإستصلاح الزراعى بمنخفض الخارجة، أو تعرضها للتلوث الذى ينقسم إلى التلوث الکيميائى والتلوث الطبيعى والتلوث البيولوجى.