كان للتأييد الساحق الذى منحه الشعب للواء محمد نجيب⁽¹⁾، أكبر الأثر في جعله يصدق أنه زعيم الثورة الفعلى بينما كان عبد الناصر⁽²⁾ ورفاقه يتصرفون على إنه واجهة للثورة، وسرعان ما أخذت تتباين وجهات النظر بين نجيب ورفاقه حول كثير من الأمور منها الإجراءات التى اتخذها ضباط القيادة لمحاسبة السياسيين القدامى وتشكيل محكمة الثورة،ولما أحس عبد الناصر ورفاقه أن محمد نجيب يشكل عقبة في طريقهم انتهزوا فرصة إلغاء نظام الملكية وإعلان الجمهورية⁽³⁾ لإبعاده عن قيادة القوات المسلحة وأصدروا قراراً بتعيين الصاغ (الرائد) عبد الحكيم عامر قائدا عاماً، وترقيته أربع رتب مرة واحدة ليصل إلى رتبة اللواء، وقد اعترض محمد نجيب على هذه القرارات، كما اعترض على إعلان النظام الجمهوري دون استفتاء شعبى عام، وكان واضحاً أن نجيب في معارضته إنما يصدر عن خوف من أن يصبح أقل قوة بعد إبعاده عن الجيش⁽⁴⁾ ولم يخف ذلك في مذكراته إذ يقول "لم يغرنى ما عرضوه من تعييني رئيساً للجمهورية، وعبد الحكيم عامر قائداً عاماً للقوات المسلحة.. فقد كنت أوثر أن يظل عامر في موقعه مديراً لمكتبى لشؤون القوات المسلحة.. وأشهد أنى قبلت  تحت ضغط وإلحاح استمر ثلاثة أسابيع بعد أن فكرت كثيراً في الاستقالة.. واعترف الآن أن هذا كان خطئى الكبير الذى وقعت فيه، فقد شعرت بعد قليل أننى أصبحت في مركز أقل قوة بعد أن تركت قيادة الجيش