يواجه أمن الحدود في أفريقيا جملة من المهددات أبرزها انتشار ظاهرة الإرهاب العابر للحدود في شمال القارة وفي إقليم الساحل الأفريقي وکذا القرن الأفريقي، بجانب التطور الکبير في التدفقات غير المشروعة للأسلحة عبر الحدود، وتهريب المهاجرين غير الشرعيين والإتجار بالبشر، فضلاً عن تهريب الخامات والسلع، وتمدد نشاط شبکات الجريمة المنظمة العابر للحدود.
وتبرز العديد من العوامل التي تسببت في تصاعد مشکلات أمن الحدود في أفريقيا أهمها الميراث الاستعماري السلبي المتسبب في النشأة المعيبة للحدود الدولية في إفريقيا، وکذلک ازدواجية نطاقات السيادة بين الدولة الأفريقية والکيانات من دون الدولة کالجماعات الإثنية، فضلاً عن الآثار السلبية لبعض مظاهر التقدم غير المخطط في عملية التکامل القاري والإقليمي، ومشکلات الإدارة المشترکة للحدود البرية، وضعف قدرات الدول الأفريقية في تأمين حدودها البحرية.
وقد تعددت الاستجابات الأفريقية لهذه المهددات. فعلى المستوى القاري أطلقت مفوضية الاتحاد الأفريقي برنامجاً خاصاً لقضايا الحدود عام 2007 مثلت مخرجاته الرکيزة الأساسية لاتفاقية نيامي بشأن التعاون الحدودي، والاستراتيجية الأفريقية لحوکمة الحدود. وعلى المستوى الإقليمي الفرعي أولت الهيئة الحکومية للتنمية (إيجاد)، ومجموعة التنمية لدول الجنوب الأفريقي (سادک) اهتماماً خاصاً بقضايا الحدود لمعالجتها أمنياً وسياسياً واقتصادياً. کذلک قامت حکومات الدول الأفريقية باتخاذ خطوات مهمة کتعزيز الإنفاق على قطاع أمن الحدود، وتطوير البنية المؤسسية والتقنية لمراقبة الحدود، والقيام بترتيبات ثنائية وثلاثية من أجل الإدارة المشترکة للحدود.