دخل السلاجقة الإسلام على المذهب السني الحنفي مذهب الخلافة العباسية آنذاک وتعصبوا له ودافعوا عنه، وظهر ذلک منذ الوهلة الأولى عندما أظهر طغرلبک (429 ــــ 455 هــ/ 1037 ـــ 1063م) اتباعه للأيديولوجية التقليدية السنية للخلافة العباسية، ومنذ عهد السلطان ألب أرسلان (455 ـــ 463 هـ/ 1063 ــ 1072م) مال السلاجقة إلى الشافعية، واتخذوا وزيراً شافعياً أشعرياً هو نظام الملک الطوسي ت 485 ه / 1092م الذي أسس المدارس النظامية لمقاومة المد الشيعي من الناحية الفکرية، واکتسبت حرکة التعليم المدرسي القائم على الفقه الشافعي في تلک المدارس الطابع الرسمي على يد ذلک الوزير.