تتعدد المشکلات الصناعية التى تتعرض لها الصناعات التحويلية بالسودان مابين نقص التمويل الخاص بالقطاع الصناعي على المستوي المحلى والإستثمارات الأجنبية، هذا بالإضافة لإرتفاع الضرائب والرسوم على المنتجات الصناعية مما يضيف عائقاً أمام نمو الصناعات بالسودانية، کما يؤدي نقص الطاقة الخاصة بالإنتاج الصناعي إلى إضطراب الإنتاج وإنخفاضة بالإضافة للتلف الذي يلحق بالمنتجات جراء الإنقطاع الکهربائي،هذا بجانب مشکلات القوى العاملة ونقص المادة الخام وتدهور النقل وسوء عمليات التسويق و لتتباين هذه المشکلات فى مدي تأثيرها على مستوي الولايات بالسودانية لنجد بأنها تتعظم فى الولايات الشمالية وإقليم دارفور وکردفان، وتتناقص فى منطقة الخرطوم والجزيرة ومنطقة النيل الأزرق والأبيض.
أما بالنسبة للآثار المترتبة عن الصناعة فنجدها تخلف أضراراً عديدة تتمثل فى التلوث الهوائي وتلک المخلفات الصلبة والسائلة والتى تتدفق عبر الترع والمجاري المائية مما يسبب ضرراً على الثروات المائية وتلوث الأراضي والتلوث الضوضائي الناجم عن الآلات، وبالتالى تخلف الصناعة آثاراً ضارة على البيئة والإنسان، لتشير نتائج النمذجة الخاصة بنطاقات التلوث بالسودان إلى ترکز الملوثات بأغلبها بنطاق الخرطوم والولايات المحيطة بها کنتيجة لترکز الصناعات بهذا النطاق مما يشير إلى أن تلک الولايات تعاني من تلوثاً مضجع قد يؤدي بنتائج سلبية على صحة السکان والمؤسسات والحياة البيولوجية، لذا وجب العمل بالمعايير الدولية الخاصة بتحديد نسب الملوثات وضرورة الحد من هذه الملوثات حفاظاً على الصحة والبيئة بشکل عام.