أن الدولة الفاطمية تعرضت لعدة عوامل کانت وراء انتقالها إلى مصر، وحالت بينها وبين استمرار بقائها في إفريقية والمغرب، أهمها الخلاف المذهبي الذي سبب خلافاً کبيراً مع أهل المغرب الذين کان معظمهم يتبعون المذهب السني، وأن الخلاف المذهبي کان من أحد الصعوبات الهامة التي واجهت الدولة وأشعلت ثورة أبي يزيد مخلد بن کداد (صاحب الحمار الأشهب). الذي نادى بمذهب الخوارج النکاري، واستطاع على الرغم من اختلاف المذاهب أن يضمن مساندة أهل السنة المالکية لها، ولقد قُضي على هذه الثورة بصعوبة.             ومن أهم العوامل أيضاً سوء المعاملة لرعايا الدولة الفاطمية، وفرض الضرائب الباهظة التي اتبعتها الدولة الفاطمية مع أهل المغرب واتباع سياسة القتل والتنکيل، وخداع الناس لأن هذه الأموال تجمع لصالح الجماعة، وابتکار أساليب غير شرعية لأخذ الأموال وقد کانت تلک العوامل، هي التي دفعت الإمارة الزيرية التي ورثت عرش الدولة الفاطمية بعد رحيلها إلى القيام بثورة کبيرة ضد الدولة الفاطمية ومذهبها الشيعي ألا وهي ثورة المعز بن باديس سنة 440/1052م.