من أهم المشاکل التي تواجه الآثار في مصر بصفة عامة وفي القاهرة بصفة خاصة المياه الجوفية وتحت الأرضية،لذلک يدرس هذا البحث مياه عين الصيرة وتأثيرها على عمارة مشهد آل طباطبا، وهو الأثر الباقي من العصر الإخشيدي في مصر والغارق معظم عناصره المعمارية في المياه المتسربة من عين الصيرة. والهدف من هذا البحث وضع الحلول الإيجابية للتخلص من المياه ومعالجة تأثيراتها السلبية على عمارة مشهد طباطبا،لذلک اعتمد هذا البحث على تحليل مياه عين الصيرة والمياه التي تغمر العناصر المعمارية للمشهد، لمعرفة نوع المياه ونوع الملوثات الضارة بالعمارة مع تسجيل حالة الأثر الراهنة وحالته عند التخلص من المياه، وأعمال الصيانة التي يمکن أن تتم لإنقاذ هذا الأثر الفريد.