مع تنامي استخدام التجارة الإلکترونية عملت شرکات عديدة – وخاصة المساهمة العامة – على الاستفادة منها في معاملتها التجارة، بحيث أصبحت التجارة الإلکترونية جزءًا من بيئة الشرکة، وهذا جعل مهنة المحاسبة والتدقيق تواجه تحديات جديدة أمام التطور التقني للمعلوماتوالنمو المتسارع في سوق التجارة الإلکترونية. وأثيرت تساؤلات عديدة عن قدرة مهنة التدقيق على مواجهة هذه التحديات وکيفية تدقيق عمليات التجارة الإلکترونية وکيفية إضفاء الثقة على المواقع الإلکترونية، وهذا دفع العديد من المنظمات المهنية إلى إصدار قواعد جديدة يجب على المدقق أخذها بنظر الاعتبار عند وضع التخطيط لعملية التدقيق ووضع برنامج التدقيق، حيث أصدر المعهد الأمريکي للمحاسبين القانونيين (AICPA) بالاشتراک مع المعهد الکندي للمحاسبين القانونيين (CICA) قواعد تتعلق بخدمات جديدة يقدمها المدقق للشرکات التي تمارس التجارة الإلکترونية هي خدمات تأکيد الثقة التي تتضمن إضفاء الثقة على موقع العميل وإضفاء الثقة في نظم العميل. لذا جاءت هذه الدراسة لمعرفة أهم التحديات التي تواجه مهنة التدقيق في الأردن في ظل عمليات التجارة الإلکترونية، حيث هدفت الدراسة إلى توضيح مفهوم التجارة الإلکترونية والتغيرات التي أحدثتها في بيئة الإعمال، والتحديات التي تواجه مهنة التدقيق في ظل التجارة الإلکترونية، واقتراح المعالجات اللازمة لمواجهة هذه التحديات، وأثر مخاطر التجارة الإلکترونية على عملية التدقيق والتعرف على أهم المخاطر التي تواجه المدقق عن تدقيق عمليات التجارة الإلکترونية، وتکوَّن مجتمع الدراسة من (55) مدققًا من مدققي الحسابات في الأردن، وکانت عينة البحث عينة عشوائية، واعتمد الباحثون في الدراسة الميدانية على استمارة الاستبانة، وتم اختبار مدى إمکانية الاعتماد على البيانات التي تم الحصول عليها من الاستبانة، وکذلک مدى اتساق وثبات المقياس المستخدم في جمع البيانات باستخدام معامل ارتباط Gronbach-Alpha، وبلغ معامل ارتباط 0.76، وتم استخدام اختبار T للعينة الواحدة لقبول أو رفض فرضيات الدراسة، من أهم النتائج التي توصلت إليها الدراسة: 1-    إن التأهيل العلمي للمدقق هو من أکثر التحديات التي تواجه المدقق في الأردن عند تدقيق عمليات التجارة الإلکترونية، حيث بلغ المتوسط الحسابي لإجابات أفراد عينة الدراسة 4.393، تم تلاه النشر الإلکتروني للقوائم المالية والتدقيق المستمر في المرتبة نفسها بمتوسط حسابي 3.8، وبعده الاختلاف في أساليب التدقيق بمتوسط حسابي 3.5، وأخيرًا مخاطر التدقيق بمتوسط حسابي 3.38. 2-    فرضت عمليات التجارة الإلکترونية على المراجعين واقعًا جديدًا يتطلب ضرورة تغيير أساليبهم التقليدية بأساليب مستحدثة، وضرورة دراسة کيفية مراجعة المعلومات في بيئة التجارة الإلکترونية. 3-    لم تمنح معظم الدول لأنظمتها المرونة الکافية للتأقلم مع المستجدات العالمية، وخصوصًا التکنولوجية منها.