تناول هذا البحث الجواب على شبهات القس زکريا بطرس حول النسخ . فبين البحث أن النسخ عند المسلمين لا يلزم منه البداء المحال على الله ـ کما زعم القس ـ لأنه يستحيل في حق الله سبق الجهل وحدوث العلم. وأن هناک فروقاً عديدة بين النسخ والبداء، وأن النسخ لا يکون إلا لحکمة سواء علمناها أم لم نعلمها وليس فيه عبث کما زعم القس. وأنه ليس فيه اجتماع الضدين، لأنه لا يوجد في القرآن أمر ونهي في وقت واحد لشخص واحد من وجه واحد وإنما لابد من الاختلاف .       ثم کان الجواب على قول القس هل هناک نسخة قديمة ونسخة جديدة بأنه لا اختلاف بين الحکم الأول والثاني في علم الله وإنما الاختلاف في حق البشر، وأن المراد من قوله تعالى (نأت بخير منها ) أي في السهولة والخفة لا في النظم والتلاوة وعن قوله: هل يوجد في اللوح المحفوظ الناسخ أم المنسوخ؟ بأن کلاهما في اللوح المحفوظ مثل أمر الله إبراهيم بذبح ولده وأمره بذبح الکبش بدلاً منه، فکلا الأمرين في اللوح المحفوظ . ثم الجواب عن قول القس: کيف يحفظ الله القرآن وينسيه للنبي في وقت واحد؟ بأن النبي معصوم لا ينسى إلا ما شاء الله أن ينسيه إياه، وعرض عليه جبريل القرآن في العام الذي توفى فيه مرتين لتأکيد حفظه وبقاء ما لم ينسخ ورفع ما نسخ،ثم جمعه الخليفة الأول في مصحف واحد ونقله الخليفة الثالث في عدة مصاحف لتوحيد القراءة ، بلسان قريش، ثم کان الجواب عن قوله: أن النسخ يعارض ما جاء في القرآن أنه لا تبديل لکلمات الله. بأن المراد من کلماته أي وعوده، ثم الجواب عن قول القس إن آية السيف نسخت کل الآيات التي تأمر بالعفو والصفح والصبر والإعراض عن المشرکين بأن القتال إنما أذن به لرد العدوان ولئلا يفتن المسلم في دينه فقد قال ] ﭶ  ﭷ  ﭸ  ﭹ  ﭺ  [    ولم يقل ( وقاتلوهم حتى يسلموا ) ومن تأمل هذه الآيات يجد أنها محکمة وليست منسوخة بآية السيف وأنه يعمل بکل آيات القرآن کلٌ في موضعه، والجواب عن قول القس: إن معنى "فاقتلوا المشرکين" أن الله أراد إفناء 80% من خليقته بأن سياق الآيات لا يدل على ذلک، وبأنه لا يجوز قتال الکفار لکونهم کفاراً، لأن اختلاف العقائد واقع بمشيئة الله، ولأنه لا إکراه في الدين . کما أثبت البحث بطلان قول القس أن النسخ في القرآن في إحدى وسبعين سورة، لأن إدعاء النسخ لابد له من دليل، ولأنه لا يوجد بين آيات القرآن تعارض لا يمکن الجمع بينها، وبالتالي بطل قوله: إن هذا دليل على وقوع الاختلاف الکثير في القرآن لأن الإسراف في دعوى النسخ بلا دليل مرفوض وأن زمن القول به هو عصر الرسالة.    وأثبت العلماء الراسخون في العلم أن کثيراً من الآيات التي زعموا أنها منسوخة لم يتوفر فيها شروط النسخ وبذلک سقطت دعوى القس أن کثرة الآيات المنسوخة دليل على وجود الاختلاف الکثير في القرآن والذي يدل على أنه من عند غير الله، ثم کانت هذه نهاية البحث وبالله التوفيق .