بالرغم من أن جامع المحمودية بمنطقة ميدان صلاح الدين بالقلعة يحمل العديد من القيم المختلفة والتي تميزه بالندرة والتفرد عن غيره من المباني الأثرية التي أنشئت في العصر العثماني، إلا أنه يعاني من الإهمال وعدم العناية، کما يعاني من العديد من مظاهر التلف المختلفة سواء الإنشائية أوالمعمارية أوالحضرية أو العامة .
    ومن ثم يهدف البحث إلى تحديد وإبراز والاستعادة الکلية أو الجزئية لهذه القيم المختلفة لذلک الجامع (موضوع البحث) وما طرأ عليها من تغيّرات أو تغييرات أو فقد کلي أو جزئي أو طمس لهذه القيم، ويهدف کذلک إلي رصد مظاهر وعوامل التلف المختلفة المؤثرة على حالة الدراسة .
   وإجراء الفحوص والتحاليل والاختبارات لمواد البناء المستخدمة في المبني، باستخدام الميکروسکوب المستقطب Polarizing microscope والميکروسکوب الاليکتروني الماسح Scanning electron microscope   وحيود الأشعة السينية X-Ray diffraction وتفلور الأشعة السينية X-Ray florescence، بالإضافة إلي اختبارات الخواص الفيزيائية والميکانيکية، کما تم استخدام جهاز تحديد المواقع الجغرافية بالنسبة لخطوط الطول ودوائر العرض Geographic Positioning System (GPS)  حيث توصلت الدراسة من خلال نتائج تلک الفحوص والتحاليل والاختبارات المختلفة لعينات تالفة من الحجر الجيري مأخوذة من حالة الدراسة، وقد بيّنت النتائج أن مواد تعاني من تدهور وتآکل في بلورات الکالسيت وفقد في المادة الرابطة ، کما أظهرت وجود شروخ وتشققات دقيقة في البلورات المعدنية للحجر نتيجة للاجهادات الداخلية الناتجة عن تزهر الأملاح على السطح Efflorescence وتحت السطح Subflorscence وداخل مکونات الحجر  Cryptoflorescence(ناتجة عن صعود محاليل الأملاح من التربة الملوثة في جدران الجامع)، کما تبين من خلال اختبارات الخواص الفيزيائية أن هناک انخفاض في کثافة الحجر الجيري وارتفاع في مساميته وقابليته لامتصاص الماء، کما تبين من خلال اختبارات الخواص الميکانيکية حدوث انخفاض في مقاومة الحجر الجيري لاجهادات الضغط والشد نتيجة لتأثير عوامل التلف المختلفة،کذلک أظهرت الفحوص والتحاليل حدوث تحول في مکونات الحجر الجيري، حيث عثر على مرکب کبريتات الکالسيوم في نتائج التحليل بحيود الأشعة السينية والفحص بالميکروسکوب الإليکتروني الماسح، ومما سبق يتضح تدهور الحالة الراهنة لمواد البناء کجزء من التدهور الحادث للمبني، کما تم رصد العديد من الشروخ النشطة سواء الرأسية أو الأفقية أو المائلة الأمر الذي يؤکد تعرض الجامع لهبوط التربة الحاملة ووجود أحمال زائدة، کما يرجح تعرضه لزلازل سابقة، کذلک تبين من خلال الرصد بجهاز رصد الميول GPS حدوث ميول بمئذنة الجامع .
   وقد انتهى البحث إلى وضع عدة اقتراحات للتدخل والحفاظ تتمثل في اقتراحات الحفاظ الإنشائي متمثلة في اقتراحات لعلاج التربة والأساسات  واقتراحات الحفاظ المعماري متمثل في ترميم الشروخ وعمليات الاستکمال والاستعاضة والإحلال واقتراحات الحفاظ الدقيق متمثل في استخلاص الأملاح وعمليات التنظيف، کما يقدم البحث مجموعة من التوصيات ذات الصلة بعمليات الحفاظ على المباني الأثرية